Browse Epitopes

This module is created to browse the epitopes predicted from vaccine candidates of all mycobacterial strains. This epitopes were predicted by creating 9mer overlapping peptides from the vaccine candidates from each mycobacterial species. We used a prediction pipeline for predicting the epitopes. Currently, you are browsing B cell epitopes from our compiled results. Here, the first column represent the unique Mtbeveb ID for each peptide sequences. The ID and peptide sequence is hyperlinked to epitope card. The next column contains Gene ID, which is hyperlinked to antigen card. The next column displays the detail of protien from NCBI notation. The fourth column presents the position of the peptide in that protein. This pipeline have the package for predicting linear B cell epitopes using LBtope, promiscous binder of MHC class I (Propred1) and MHC class II (Propred), CTL epitope (CTLpred), interferon-gamma inducing peptides (IFNepitope) and Interleukine 4 inducing peptides (IL4pred). The peptides can sorted at any header. The last three column present the field related to MHC class II prediction using Propred. The second last tells us the MHC class II alleles to which peptide is binding. The last column counts the number of MHC class II alleles for that peptide.


Total number of predicted 9mer peptides are 262824 (corresponding to browse type mhcII)



ID gene ID Protein Detail Position Sequence (9mer) MHC class II Alleles MHC class II alleles (count)
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VIR203836121637569 YP 977792.1 polyketidesynthasepks7[MycobacteriumbovisBCGstr.Pasteur1173P2]200VSVDTACSSDRB1_0301, DRB1_0305, DRB1_0306, DRB1_0307, DRB1_0308, DRB1_0309, DRB1_0311, DRB1_1107 8
VIR203846121637569 YP 977792.1 polyketidesynthasepks7[MycobacteriumbovisBCGstr.Pasteur1173P2]210LVALHLAVQDRB1_0305, DRB1_0306, DRB1_0307, DRB1_0308, DRB1_0311, DRB1_0404, DRB1_0405, DRB1_0408, DRB1_0410, DRB1_0423, DRB1_0801, DRB1_0802, DRB1_0804, DRB1_0806, DRB1_0813, DRB1_0817, DRB1_1101, DRB1_1102, DRB1_1104, DRB1_1106, DRB1_1107, DRB1_1114, DRB1_1121, DRB1_1128, DRB1_1304, DRB1_1305, DRB1_1307, DRB1_1311, DRB1_1321, DRB1_1322, DRB1_1323 31
VIR203847121637569 YP 977792.1 polyketidesynthasepks7[MycobacteriumbovisBCGstr.Pasteur1173P2]211VALHLAVQSDRB1_0102, DRB1_0401, DRB1_0402, DRB1_0426, DRB1_1102, DRB1_1114, DRB1_1120, DRB1_1121, DRB1_1301, DRB1_1302, DRB1_1304, DRB1_1322, DRB1_1323, DRB1_1327, DRB1_1328 15
VIR203851121637569 YP 977792.1 polyketidesynthasepks7[MycobacteriumbovisBCGstr.Pasteur1173P2]215LAVQSLRLGDRB1_1301, DRB1_1304, DRB1_1327, DRB1_1328 4
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VIR203871121637569 YP 977792.1 polyketidesynthasepks7[MycobacteriumbovisBCGstr.Pasteur1173P2]235VMATPAMFIDRB1_0102, DRB1_0701, DRB1_0703, DRB1_1506 4
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VIR203878121637569 YP 977792.1 polyketidesynthasepks7[MycobacteriumbovisBCGstr.Pasteur1173P2]242FIEFSRQRADRB1_1114, DRB1_1323 2
VIR203879121637569 YP 977792.1 polyketidesynthasepks7[MycobacteriumbovisBCGstr.Pasteur1173P2]243IEFSRQRALDRB1_0701, DRB1_0703 2
VIR203881121637569 YP 977792.1 polyketidesynthasepks7[MycobacteriumbovisBCGstr.Pasteur1173P2]245FSRQRALSADRB1_0101, DRB1_0102, DRB1_0401, DRB1_0426, DRB1_1101, DRB1_1114, DRB1_1323 7
VIR203887121637569 YP 977792.1 polyketidesynthasepks7[MycobacteriumbovisBCGstr.Pasteur1173P2]251LSADGRCKADRB1_0301, DRB1_0305, DRB1_0306, DRB1_0307, DRB1_0308, DRB1_0311, DRB1_1107 7
VIR203911121637569 YP 977792.1 polyketidesynthasepks7[MycobacteriumbovisBCGstr.Pasteur1173P2]275VLVLARLADDRB1_0801, DRB1_0806, DRB1_0817, DRB1_1101, DRB1_1104, DRB1_1106, DRB1_1128, DRB1_1301, DRB1_1304, DRB1_1305, DRB1_1307, DRB1_1311, DRB1_1321, DRB1_1327, DRB1_1328 15
VIR203912121637569 YP 977792.1 polyketidesynthasepks7[MycobacteriumbovisBCGstr.Pasteur1173P2]276LVLARLADADRB1_0102, DRB1_0301, DRB1_0305, DRB1_0306, DRB1_0307, DRB1_0308, DRB1_0311, DRB1_0402, DRB1_0404, DRB1_0423, DRB1_0801, DRB1_0802, DRB1_0804, DRB1_0806, DRB1_0813, DRB1_1101, DRB1_1102, DRB1_1104, DRB1_1106, DRB1_1107, DRB1_1114, DRB1_1120, DRB1_1121, DRB1_1128, DRB1_1301, DRB1_1302, DRB1_1304, DRB1_1305, DRB1_1307, DRB1_1311, DRB1_1321, DRB1_1322, DRB1_1323, DRB1_1327, DRB1_1328, DRB1_1501, DRB1_1506 37
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VIR203936121637569 YP 977792.1 polyketidesynthasepks7[MycobacteriumbovisBCGstr.Pasteur1173P2]300VNQDGASNGDRB1_0301, DRB1_0309, DRB1_1107 3
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VIR204007121637569 YP 977792.1 polyketidesynthasepks7[MycobacteriumbovisBCGstr.Pasteur1173P2]371LGSIKSNIGDRB1_0404, DRB1_0405, DRB1_0408, DRB1_0410, DRB1_0421, DRB1_0423 6
VIR204010121637569 YP 977792.1 polyketidesynthasepks7[MycobacteriumbovisBCGstr.Pasteur1173P2]374IKSNIGHTSDRB1_0102 1
VIR204023121637569 YP 977792.1 polyketidesynthasepks7[MycobacteriumbovisBCGstr.Pasteur1173P2]387VAGVIKMVQDRB1_0305, DRB1_0306, DRB1_0307, DRB1_0308, DRB1_0311, DRB1_0801, DRB1_0802, DRB1_0804, DRB1_0806, DRB1_0813, DRB1_0817, DRB1_1101, DRB1_1104, DRB1_1106, DRB1_1107, DRB1_1307, DRB1_1311, DRB1_1321 18
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VIR204030121637569 YP 977792.1 polyketidesynthasepks7[MycobacteriumbovisBCGstr.Pasteur1173P2]394VQAMRHGVLDRB5_0101, DRB5_0105 2
VIR204033121637569 YP 977792.1 polyketidesynthasepks7[MycobacteriumbovisBCGstr.Pasteur1173P2]397MRHGVLPKTDRB1_0301, DRB1_1107 2
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VIR204042121637569 YP 977792.1 polyketidesynthasepks7[MycobacteriumbovisBCGstr.Pasteur1173P2]406LHVDVPTPHDRB1_0301, DRB1_0305, DRB1_0306, DRB1_0307, DRB1_0308, DRB1_0309, DRB1_0311, DRB1_0401, DRB1_0426, DRB1_1107 10
VIR204067121637569 YP 977792.1 polyketidesynthasepks7[MycobacteriumbovisBCGstr.Pasteur1173P2]431WHVPGRPRRDRB1_0309 1
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VIR204083121637569 YP 977792.1 polyketidesynthasepks7[MycobacteriumbovisBCGstr.Pasteur1173P2]447ISGTNAHVIDRB1_0701, DRB1_0703 2
VIR204090121637569 YP 977792.1 polyketidesynthasepks7[MycobacteriumbovisBCGstr.Pasteur1173P2]454VILEEAPAVDRB1_0101, DRB1_0102 2
VIR204112121637569 YP 977792.1 polyketidesynthasepks7[MycobacteriumbovisBCGstr.Pasteur1173P2]476VPWVLSARSDRB1_0423 1
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VIR204115121637569 YP 977792.1 polyketidesynthasepks7[MycobacteriumbovisBCGstr.Pasteur1173P2]479VLSARSAQADRB1_0402, DRB1_0404, DRB1_0408, DRB1_0423 4
VIR204124121637569 YP 977792.1 polyketidesynthasepks7[MycobacteriumbovisBCGstr.Pasteur1173P2]488LTNQARRLLDRB1_1102, DRB1_1114, DRB1_1120, DRB1_1121, DRB1_1301, DRB1_1302, DRB1_1304, DRB1_1322, DRB1_1323, DRB1_1327, DRB1_1328 11
VIR204134121637569 YP 977792.1 polyketidesynthasepks7[MycobacteriumbovisBCGstr.Pasteur1173P2]498WVGADENVRDRB5_0101, DRB5_0105 2
VIR204141121637569 YP 977792.1 polyketidesynthasepks7[MycobacteriumbovisBCGstr.Pasteur1173P2]505VRPLDVGWSDRB1_0102, DRB1_0301, DRB1_0305, DRB1_0306, DRB1_0307, DRB1_0308, DRB1_0309, DRB1_0311, DRB1_0401, DRB1_0404, DRB1_0405, DRB1_0408, DRB1_0410, DRB1_0421, DRB1_0423, DRB1_0426, DRB1_0801, DRB1_0802, DRB1_0804, DRB1_0806, DRB1_0813, DRB1_0817, DRB1_1101, DRB1_1102, DRB1_1104, DRB1_1106, DRB1_1107, DRB1_1114, DRB1_1120, DRB1_1121, DRB1_1128, DRB1_1301, DRB1_1302, DRB1_1304, DRB1_1305, DRB1_1307, DRB1_1311, DRB1_1321, DRB1_1322, DRB1_1323, DRB1_1327, DRB1_1328 42
VIR204146121637569 YP 977792.1 polyketidesynthasepks7[MycobacteriumbovisBCGstr.Pasteur1173P2]510VGWSLVNTRDRB1_0421 1
VIR204148121637569 YP 977792.1 polyketidesynthasepks7[MycobacteriumbovisBCGstr.Pasteur1173P2]512WSLVNTRSLDRB1_0405, DRB1_0408, DRB1_0701, DRB1_0703, DRB5_0101, DRB5_0105 6
VIR204150121637569 YP 977792.1 polyketidesynthasepks7[MycobacteriumbovisBCGstr.Pasteur1173P2]514LVNTRSLFDDRB1_0401, DRB1_0402, DRB1_0405, DRB1_0410, DRB1_0421, DRB1_0426, DRB1_0701, DRB1_0703, DRB1_0817, DRB1_1304, DRB1_1321 11
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