Browse Epitopes

This module is created to browse the epitopes predicted from vaccine candidates of all mycobacterial strains. This epitopes were predicted by creating 9mer overlapping peptides from the vaccine candidates from each mycobacterial species. We used a prediction pipeline for predicting the epitopes. Currently, you are browsing B cell epitopes from our compiled results. Here, the first column represent the unique Mtbeveb ID for each peptide sequences. The ID and peptide sequence is hyperlinked to epitope card. The next column contains Gene ID, which is hyperlinked to antigen card. The next column displays the detail of protien from NCBI notation. The fourth column presents the position of the peptide in that protein. This pipeline have the package for predicting linear B cell epitopes using LBtope, promiscous binder of MHC class I (Propred1) and MHC class II (Propred), CTL epitope (CTLpred), interferon-gamma inducing peptides (IFNepitope) and Interleukine 4 inducing peptides (IL4pred). The peptides can sorted at any header. The last three column present the field related to MHC class II prediction using Propred. The second last tells us the MHC class II alleles to which peptide is binding. The last column counts the number of MHC class II alleles for that peptide.


Total number of predicted 9mer peptides are 262824 (corresponding to browse type mhcII)



ID gene ID Protein Detail Position Sequence (9mer) MHC class II Alleles MHC class II alleles (count)
VIR094791449062176 YP 007429259.1 alternativeRNApolymerasesigmafactorsigG[MycobacteriumbovisBCGstr.Korea1168P]15VVVITGSVTDRB1_0101, DRB1_0102, DRB1_1501, DRB1_1506 4
VIR094792449062176 YP 007429259.1 alternativeRNApolymerasesigmafactorsigG[MycobacteriumbovisBCGstr.Korea1168P]16VVITGSVTADRB1_0101, DRB1_0102, DRB1_0305, DRB1_0306, DRB1_0307, DRB1_0308, DRB1_0311, DRB1_0401, DRB1_0402, DRB1_0404, DRB1_0405, DRB1_0408, DRB1_0410, DRB1_0421, DRB1_0423, DRB1_0426, DRB1_0701, DRB1_0703, DRB1_1101, DRB1_1102, DRB1_1104, DRB1_1106, DRB1_1107, DRB1_1114, DRB1_1121, DRB1_1307, DRB1_1311, DRB1_1322, DRB1_1323, DRB1_1501, DRB1_1506 31
VIR094793449062176 YP 007429259.1 alternativeRNApolymerasesigmafactorsigG[MycobacteriumbovisBCGstr.Korea1168P]17VITGSVTAADRB1_0305, DRB1_0306, DRB1_0307, DRB1_0308, DRB1_0311, DRB1_1107 6
VIR094798449062176 YP 007429259.1 alternativeRNApolymerasesigmafactorsigG[MycobacteriumbovisBCGstr.Korea1168P]22VTAAPVRVSDRB1_0402, DRB1_1102, DRB1_1114, DRB1_1120, DRB1_1121, DRB1_1301, DRB1_1302, DRB1_1304, DRB1_1322, DRB1_1323, DRB1_1327, DRB1_1328 12
VIR094803449062176 YP 007429259.1 alternativeRNApolymerasesigmafactorsigG[MycobacteriumbovisBCGstr.Korea1168P]27VRVSETLRRDRB1_0301, DRB1_0305, DRB1_0306, DRB1_0307, DRB1_0308, DRB1_0309, DRB1_0311, DRB1_0401, DRB1_0402, DRB1_0404, DRB1_0405, DRB1_0408, DRB1_0410, DRB1_0421, DRB1_0423, DRB1_0426, DRB1_0701, DRB1_0703, DRB1_1101, DRB1_1102, DRB1_1104, DRB1_1106, DRB1_1107, DRB1_1114, DRB1_1120, DRB1_1121, DRB1_1128, DRB1_1301, DRB1_1302, DRB1_1305, DRB1_1311, DRB1_1321, DRB1_1322, DRB1_1323, DRB1_1327, DRB1_1328, DRB1_1501, DRB1_1506, DRB5_0101, DRB5_0105 40
VIR094809449062176 YP 007429259.1 alternativeRNApolymerasesigmafactorsigG[MycobacteriumbovisBCGstr.Korea1168P]33LRRLIDVSVDRB1_0101, DRB1_0102, DRB1_0404, DRB1_0423, DRB1_1501, DRB1_1506 6
VIR094812449062176 YP 007429259.1 alternativeRNApolymerasesigmafactorsigG[MycobacteriumbovisBCGstr.Korea1168P]36LIDVSVLAEDRB1_0410, DRB1_0817, DRB1_1321 3
VIR094841449062176 YP 007429259.1 alternativeRNApolymerasesigmafactorsigG[MycobacteriumbovisBCGstr.Korea1168P]65YRRELLAHCDRB1_0101, DRB1_0305, DRB1_0401, DRB1_0421, DRB1_0426, DRB1_0801, DRB1_0802, DRB1_0813, DRB1_1101, DRB1_1114, DRB1_1307, DRB1_1323 12
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VIR094862449062176 YP 007429259.1 alternativeRNApolymerasesigmafactorsigG[MycobacteriumbovisBCGstr.Korea1168P]86LVQETLLRADRB1_0401, DRB1_0426, DRB1_1101, DRB1_1104, DRB1_1106, DRB1_1311, DRB1_1501, DRB1_1506 8
VIR094867449062176 YP 007429259.1 alternativeRNApolymerasesigmafactorsigG[MycobacteriumbovisBCGstr.Korea1168P]91LLRAWKAYEDRB1_0801, DRB1_0806, DRB1_0817, DRB1_1301, DRB1_1304, DRB1_1321, DRB1_1327, DRB1_1328 8
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VIR094871449062176 YP 007429259.1 alternativeRNApolymerasesigmafactorsigG[MycobacteriumbovisBCGstr.Korea1168P]95WKAYEGFAGDRB1_0801, DRB1_1501, DRB1_1502, DRB1_1506 4
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VIR094886449062176 YP 007429259.1 alternativeRNApolymerasesigmafactorsigG[MycobacteriumbovisBCGstr.Korea1168P]110WLHRIATNTDRB1_0813 1
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VIR094896449062176 YP 007429259.1 alternativeRNApolymerasesigmafactorsigG[MycobacteriumbovisBCGstr.Korea1168P]120LTALEGRRRDRB5_0101, DRB5_0105 2
VIR094899449062176 YP 007429259.1 alternativeRNApolymerasesigmafactorsigG[MycobacteriumbovisBCGstr.Korea1168P]123LEGRRRRPLDRB1_0801, DRB1_0802, DRB1_0804, DRB1_0806, DRB1_1301, DRB1_1304, DRB1_1327, DRB1_1328 8
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VIR095001449062176 YP 007429259.1 alternativeRNApolymerasesigmafactorsigG[MycobacteriumbovisBCGstr.Korea1168P]225LQRARSQLQDRB1_0306, DRB1_0307, DRB1_0308, DRB1_0311, DRB1_0401, DRB1_0402, DRB1_0404, DRB1_0405, DRB1_0408, DRB1_0410, DRB1_0423, DRB1_0426, DRB1_1102, DRB1_1107, DRB1_1121, DRB1_1304, DRB1_1322 17
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VIR095011449062176 YP 007429259.1 alternativeRNApolymerasesigmafactorsigG[MycobacteriumbovisBCGstr.Korea1168P]235VRPSAADRLDRB1_0701, DRB1_0703 2
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VIR095031449062176 YP 007429259.1 alternativeRNApolymerasesigmafactorsigG[MycobacteriumbovisBCGstr.Korea1168P]255LARYIAAFEDRB1_0801, DRB1_0806, DRB1_0817 3
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VIR095071449062176 YP 007429259.1 alternativeRNApolymerasesigmafactorsigG[MycobacteriumbovisBCGstr.Korea1168P]295IVTLIHQQCDRB1_0102, DRB1_1102, DRB1_1104, DRB1_1106, DRB1_1121, DRB1_1307, DRB1_1311, DRB1_1322 8
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VIR095087449062176 YP 007429259.1 alternativeRNApolymerasesigmafactorsigG[MycobacteriumbovisBCGstr.Korea1168P]311MRLISLIANDRB1_0102, DRB1_0301, DRB1_0305, DRB1_0306, DRB1_0307, DRB1_0308, DRB1_0309, DRB1_0311, DRB1_0404, DRB1_0405, DRB1_0410, DRB1_0423, DRB1_0701, DRB1_0703, DRB1_0801, DRB1_0806, DRB1_0817, DRB1_1101, DRB1_1104, DRB1_1106, DRB1_1107, DRB1_1128, DRB1_1304, DRB1_1305, DRB1_1307, DRB1_1311, DRB1_1321, DRB1_1501, DRB1_1502, DRB1_1506, DRB5_0101, DRB5_0105 32
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