Browse Epitopes

This module is created to browse the epitopes predicted from vaccine candidates of all mycobacterial strains. This epitopes were predicted by creating 9mer overlapping peptides from the vaccine candidates from each mycobacterial species. We used a prediction pipeline for predicting the epitopes. Currently, you are browsing B cell epitopes from our compiled results. Here, the first column represent the unique Mtbeveb ID for each peptide sequences. The ID and peptide sequence is hyperlinked to epitope card. The next column contains Gene ID, which is hyperlinked to antigen card. The next column displays the detail of protien from NCBI notation. The fourth column presents the position of the peptide in that protein. This pipeline have the package for predicting linear B cell epitopes using LBtope, promiscous binder of MHC class I (Propred1) and MHC class II (Propred), CTL epitope (CTLpred), interferon-gamma inducing peptides (IFNepitope) and Interleukine 4 inducing peptides (IL4pred). The peptides can sorted at any header. The last five columns present the fields related to MHC class II prediction using Propred followed by prediction of interleukin-4 inducing peptides. The sixth column tells us the MHC class II alleles to which peptide is binding. The seventh column counts the number of MHC class II alleles for that peptide. The eighth column depicts the prediction result of IL4pred server. The last column display the score of peptides from IL4pred server.


Total number of predicted 9mer peptides are 171460 (corresponding to browse type th2)



ID gene IDProtein DetailPositionSequence (9mer)MHC class II Alleles MHC class II alleles (count) IL4 prediction score
VIR093472449062116 YP 007429199.1 trehalosesynthaseTRES[MycobacteriumbovisBCGstr.Korea1168P]103IRDFYKVLP DRB1_1301, DRB1_1327, DRB1_1328 3 0.35
VIR093476449062116 YP 007429199.1 trehalosesynthaseTRES[MycobacteriumbovisBCGstr.Korea1168P]107YKVLPEFGT DRB1_0101 1 0.53
VIR093488449062116 YP 007429199.1 trehalosesynthaseTRES[MycobacteriumbovisBCGstr.Korea1168P]119FVALVDAAH DRB1_0401, DRB1_0405, DRB1_0408, DRB1_0426, DRB1_1307 5 0.26
VIR093500449062116 YP 007429199.1 trehalosesynthaseTRES[MycobacteriumbovisBCGstr.Korea1168P]131IRIITDLVM DRB1_0101, DRB1_0102, DRB1_0301, DRB1_0306, DRB1_0307, DRB1_0308, DRB1_0311, DRB1_0401, DRB1_0402, DRB1_0404, DRB1_0405, DRB1_0408, DRB1_0410, DRB1_0421, DRB1_0423, DRB1_0426, DRB1_0701, DRB1_0703, DRB1_0817, DRB1_1101, DRB1_1104, DRB1_1106, DRB1_1128, DRB1_1305, DRB1_1311, DRB1_1321, DRB1_1501, DRB1_1502, DRB1_1506, DRB5_0101, DRB5_0105 31 0.24
VIR093502449062116 YP 007429199.1 trehalosesynthaseTRES[MycobacteriumbovisBCGstr.Korea1168P]133IITDLVMNH DRB1_0301, DRB1_0305, DRB1_0306, DRB1_0307, DRB1_0308, DRB1_0309, DRB1_0311, DRB1_0401, DRB1_0410, DRB1_0421, DRB1_0423, DRB1_0426, DRB1_0817, DRB1_1107, DRB1_1321 15 0.20
VIR093506449062116 YP 007429199.1 trehalosesynthaseTRES[MycobacteriumbovisBCGstr.Korea1168P]137LVMNHTSES DRB1_0101, DRB1_0102, DRB1_0301, DRB1_0305, DRB1_0306, DRB1_0307, DRB1_0308, DRB1_0309, DRB1_0311, DRB1_0401, DRB1_0402, DRB1_0404, DRB1_0405, DRB1_0408, DRB1_0410, DRB1_0421, DRB1_0423, DRB1_0426, DRB1_0801, DRB1_0802, DRB1_0804, DRB1_0806, DRB1_0813, DRB1_1101, DRB1_1102, DRB1_1104, DRB1_1106, DRB1_1107, DRB1_1114, DRB1_1120, DRB1_1121, DRB1_1128, DRB1_1301, DRB1_1302, DRB1_1304, DRB1_1305, DRB1_1307, DRB1_1311, DRB1_1321, DRB1_1322, DRB1_1323, DRB1_1327, DRB1_1328, DRB1_1501, DRB1_1506 45 0.27
VIR093507449062116 YP 007429199.1 trehalosesynthaseTRES[MycobacteriumbovisBCGstr.Korea1168P]138VMNHTSESH DRB1_0401, DRB1_0402, DRB1_0421, DRB1_0426, DRB1_1102, DRB1_1121, DRB1_1304, DRB1_1322 8 0.27
VIR093547449062116 YP 007429199.1 trehalosesynthaseTRES[MycobacteriumbovisBCGstr.Korea1168P]178IIFVDTEES DRB1_0301, DRB1_0305, DRB1_0306, DRB1_0307, DRB1_0308, DRB1_0309, DRB1_0311, DRB1_0401, DRB1_0402, DRB1_0404, DRB1_0405, DRB1_0408, DRB1_0410, DRB1_0421, DRB1_0423, DRB1_0426, DRB1_0813, DRB1_1101, DRB1_1104, DRB1_1106, DRB1_1107, DRB1_1311 22 0.29
VIR093550449062116 YP 007429199.1 trehalosesynthaseTRES[MycobacteriumbovisBCGstr.Korea1168P]181VDTEESNWS DRB1_0401 1 0.24
VIR093557449062116 YP 007429199.1 trehalosesynthaseTRES[MycobacteriumbovisBCGstr.Korea1168P]188WSFDPVRRQ DRB1_0305, DRB1_0306, DRB1_0307, DRB1_0308, DRB1_0309, DRB1_0311, DRB1_0401, DRB1_0426, DRB1_1107, DRB1_1114, DRB1_1323 11 0.22
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