ProPred-I   The Promiscuous MHC Class-I Binding Peptide Prediction Server

Home References Help Matrices Team Contact

PROTEASOME

Amino acid/Position	P6	P5	P4	P3	P2	P1	P1'	P2'	P3'	P4'	P5'	P6'
A:	0.865	0.595	1.020	0.485	0.620	0.825	1.545	0.330	0.710	0.590	0.930	0.365
C:	0.000	0.000	0.000	0.000	0.130	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000
D:	0.580	0.460	0.255	0.215	0.185	0.805	0.300	1.185	0.315	0.235	0.170	0.400
E:	0.530	0.465	0.385	0.455	0.250	0.605	0.300	0.275	0.460	0.150	0.465	0.440
F:	0.050	0.275	0.430	0.165	0.430	0.145	0.190	0.250	0.165	0.575	0.220	0.050
G:	0.300	0.575	0.750	0.230	0.545	0.175	0.185	0.415	0.760	0.185	0.320	0.780
H:	0.175	0.125	0.010	0.150	0.280	0.065	0.165	0.110	0.065	0.035	0.385	0.090
I:	0.505	0.125	0.385	0.335	0.180	0.510	0.060	0.845	0.220	0.450	0.405	0.170
K:	0.220	0.580	0.240	0.945	0.455	0.080	0.365	0.115	0.370	0.675	0.600	0.655
L:	0.540	0.550	0.535	0.525	0.230	1.185	0.345	0.900	1.120	0.435	0.670	0.565
M:	0.010	0.000	0.095	0.010	0.015	0.035	0.070	0.040	0.075	0.065	0.010	0.060
N:	0.120	0.285	0.235	0.140	0.240	0.095	0.390	0.215	0.195	0.160	0.270	0.730
P:	0.365	0.475	0.550	0.365	0.095	0.040	0.480	0.020	0.255	0.240	0.330	0.315
Q:	0.045	0.260	0.025	0.020	0.340	0.060	0.075	0.060	0.155	0.305	0.035	0.075
R:	0.125	0.045	0.045	0.425	0.290	0.275	0.595	0.095	0.155	0.145	0.080	0.060
S:	0.575	0.365	0.380	0.090	0.535	0.395	0.500	0.215	0.170	0.530	0.490	0.555
T:	0.735	0.460	0.140	0.365	0.365	0.140	0.150	0.430	0.140	0.360	0.250	0.105
V:	0.270	0.380	0.365	0.920	0.840	0.450	0.275	0.410	0.695	0.705	0.355	0.695
W:	0.040	0.015	0.035	0.030	0.020	0.030	0.000	0.050	0.000	0.000	0.050	0.010
X:	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000
Y:	0.085	0.100	0.255	0.265	0.090	0.220	0.145	0.175	0.110	0.295	0.100	0.015

THRESHOLD (%)	1%	2%	3%	4%	5%	6%	7%	8%	9%	10%
NUMERICAL VALUE	7.16	6.815	6.59	6.42	6.265	6.13	5.99	5.83	5.635	4.835

The threshold is defined as the 'percentage of best scoring natural peptides'. For example, a threshold of 1% would predict peptides in any given protein sequence which belong to the 1% best scoring natural peptides. Peptides with score greater than or equal to corresponding threshold value will be predicted as binder