ProPred-I   The Promiscuous MHC Class-I Binding Peptide Prediction Server

Home References Help Matrices Team Contact

IMMUNOPROTEASOME

Amino acid/Position	P6	P5	P4	P3	P2	P1	P1'	P2'	P3'	P4'	P5'	P6'
A:	0.680	0.615	0.940	0.420	0.590	0.745	1.440	0.665	0.560	0.775	0.480	0.810
C:	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000
D:	0.725	0.360	0.190	0.225	0.160	0.150	0.335	1.210	0.255	0.325	0.220	0.375
E:	0.300	0.370	0.515	0.870	0.580	0.155	0.255	0.320	0.410	0.270	0.400	0.515
F:	0.000	0.495	0.280	0.105	0.665	0.550	0.050	0.100	0.120	0.260	0.190	0.250
G:	0.500	0.550	0.485	0.180	0.360	0.170	0.880	0.475	0.970	0.265	0.465	0.675
H:	0.300	0.030	0.080	0.285	0.205	0.130	0.140	0.040	0.050	0.040	0.340	0.285
I:	0.440	0.345	0.290	0.470	0.145	0.585	0.020	0.800	0.295	0.420	0.730	0.395
K:	0.090	0.475	0.400	1.065	0.620	0.175	0.450	0.275	0.290	0.405	0.590	0.830
L:	0.560	0.975	0.450	0.235	0.160	2.305	0.065	0.370	1.025	0.410	0.105	0.510
M:	0.020	0.000	0.215	0.010	0.080	0.050	0.295	0.000	0.000	0.100	0.000	0.050
N:	0.245	0.285	0.290	0.165	0.205	0.095	0.520	0.290	0.560	0.575	0.190	0.290
P:	0.325	0.370	0.255	0.380	0.035	0.000	0.375	0.175	0.305	0.180	0.440	0.080
Q:	0.010	0.260	0.210	0.105	0.170	0.010	0.175	0.075	0.225	0.250	0.100	0.020
R:	0.365	0.100	0.065	0.215	0.395	0.200	0.480	0.000	0.190	0.290	0.320	0.100
S:	0.545	0.250	0.610	0.225	0.735	0.185	0.345	0.320	0.265	0.695	0.380	0.520
T:	0.890	0.200	0.085	0.235	0.570	0.195	0.310	0.560	0.275	0.195	0.275	0.055
V:	0.255	0.485	0.585	0.940	0.695	0.320	0.085	0.535	0.495	0.555	0.925	0.610
W:	0.025	0.060	0.000	0.025	0.000	0.070	0.000	0.000	0.000	0.075	0.000	0.000
X:	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000
Y:	0.095	0.140	0.425	0.215	0.000	0.280	0.150	0.160	0.080	0.285	0.220	0.000

THRESHOLD (%)	1%	2%	3%	4%	5%	6%	7%	8%	9%	10%
NUMERICAL VALUE	7.855	7.435	7.165	6.95	6.765	6.595	6.425	6.25	6.03	5.11

The threshold is defined as the 'percentage of best scoring natural peptides'. For example, a threshold of 1% would predict peptides in any given protein sequence which belong to the 1% best scoring natural peptides. Peptides with score greater than or equal to corresponding threshold value will be predicted as binder