1) Prediction of ion-channels

A) Based on amino acid composition by SVM method

RBF kernel� g=60; C=100; J=1

Thresold��������� Sensitivity������� Specificity��������� accuracy������� ppv���������� mcc

0.3������������������� �85.33���������������� 80.44����������������� 82.89����������� .81��������� .66

B) Based on dipeptide composition by SVM method

RBF kernel� g=40; C=10; J=1

Thresold��������� Sensitivity������� Specificity��������� accuracy������� ppv���������� mcc

0.4�� ������������������83.56���������������� 87.56����������������� 85.56���������� .88����������� .71

II) Classification of ion Channels

A) Based on amino acid composition by SVM method

RBF kernel g=500; C=10; J=1

Class�������������������� Sensitivity���� ����������mcc

Sodium����������������� 80.00����������������������� .86

Potassium������������� 98.75����������������������� .84

Calcium���������������� 80.00����������������������� .84

Chloride��������������� 73.33����������������������� .84

B) Based on amino acid composition by SVM method

RBF kernel g=50; C=10; J=1

Class�������������������� Sensitivity�������������� mcc

Sodium����������������� 88.00����������������������� .91

Potassium������������ 100.00���������������������� .95

Calcium���������������� 92.00����������������������� .93

Chloride��������������� 86.67����������������������� .91

III) Accuracy at different RI values

Average prediction accuracy obtained at different RI values

RI values	% of sequences	Prediction Accuracy (%)
�1	100	96.89
�2	93.78	99.08
�3	77.78	100.00
�4	46.67	100.00
�5	10.67	100.00