Prediction
of neurotoxins based on their function and source
Running
Tite: Neurotoxins prediction
Address correspondence to:
Dr. G. P. S. Raghava, Professor, Department of Computational Biology Institute of Microbial
Technology �Okhla Phase 3,
New Delhi, INDIA, Phone: +91-11-26907444; Fax: +91-172-26907444 E-mail: raghava@iiitd.ac.in
Feed forward network and recurrent neural network were used for the classification of neurotoxins and non toxins. Different fidden nodes were used with single hidden layer. The performance at of the best module at different thresholds was shown below.
�
Table S1: The performance of FNN on classifying
neurotoxin sequences and non-toxin sequences a hidden node 35
Thres |
Sensitivity |
Specificity |
Accuracy |
PPV |
MCC |
1.0000 |
0.0000 |
0.0000 |
0.0000 |
0.0000 |
0.0000 |
0.9000 |
0.0000 |
0.0000 |
0.0000 |
0.0000 |
0.0000 |
0.8000 |
0.0018 |
0.2000 |
0.1013 |
0.2000 |
0.0133 |
0.7000 |
0.0246 |
0.7983 |
0.4131 |
0.7600 |
0.0859 |
0.6000 |
0.5193 |
0.8000 |
0.6603 |
0.8882 |
0.4059 |
0.5500 |
0.7035 |
0.7948 |
0.7493 |
0.8886 |
0.5346 |
0.5000 |
0.8965 |
0.7878 |
0.8419 |
0.8839 |
0.6893 |
0.4500 |
0.9614 |
0.6783 |
0.8192 |
0.7907 |
0.6450 |
0.4000 |
0.9912 |
0.1896 |
0.5886 |
0.5500 |
0.2730 |
0.3000 |
0.9912 |
0.0087 |
0.4978 |
0.4978 |
-0.0004 |
0.2000 |
0.9912 |
0.0087 |
0.4978 |
0.4978 |
-0.0004 |
0.1000 |
0.9912 |
0.0087 |
0.4978 |
0.4978 |
-0.0004 |
Table S2: The performance of RNN on classifying
neurotoxin sequences and non-toxin sequences a hidden node� 60
Thresold |
Sensitivity |
Specificity |
Accuracy |
PPV |
MCC |
1.0000 |
0.0000 |
0.0000 |
0.0000 |
0.0000 |
0.0000 |
0.9000 |
0.0000 |
0.0000 |
0.0000 |
0.0000 |
0.0000 |
0.8000 |
0.0035 |
0.4000 |
0.2026 |
0.4000 |
0.0266 |
0.7000 |
0.1581 |
0.9913 |
0.5769 |
0.9450 |
0.2690 |
0.6000 |
0.5544 |
0.9913 |
0.7738 |
0.9844 |
0.6074 |
0.5500 |
0.7281 |
0.9913 |
0.8603 |
0.9881 |
0.7464 |
0.5000 |
0.8228 |
0.9809 |
0.9022 |
0.9771 |
0.8144 |
0.4500 |
0.8912 |
0.9635 |
0.9275 |
0.9603 |
0.8572 |
0.4000 |
0.9877 |
0.7548 |
0.8707 |
0.8004 |
0.7633 |
0.3000 |
0.9912 |
0.0087 |
0.4978 |
0.4978 |
-0.0004 |
0.2000 |
0.9912 |
0.0087 |
0.4978 |
0.4978 |
-0.0004 |
0.1000 |
0.9912 |
0.0087 |
0.4978 |
0.4978 |
-0.0004 |
The performance PSI-BLAST for prediction of neurotoxins at different E-values.
Table S3: Results of PSI-BLAST on various E-values on
neurotoxins dataset using five fold cross-validation.
E-value |
Hits(570) |
False positive (570) |
1.0 |
390 (68.42%) |
42 |
10-1 |
391(68.60%) |
32 |
10-2 |
391(68.60%) |
28 |
10-3 |
387(67.89%) |
23 |
10-6 |
343(60.18%) |
19 |
10-9 |
281(49.30%) |
13 |
The performances of MAST at different E-values were performed on MEME matrix formed on neurotoxins sequences based on five-fold validation. Five MEME matrices have been created corresponding to five learning sets, one matrix for one learning set (four sets).� Then each matrix was used in as input file for searching motifs in remaining one set (testing set) using program MAST.
Table S4: The MEME/MAST result of classification of neurotoxins and non toxins at different E-value
E-value |
Neurotoxin (570) |
Non-toxin(570) |
0.0001 |
165 (28.95%) |
4 (0.7%) |
0.001 |
174(29.82%) |
4 (0.7%) |
0.01 |
184 (32.28%) |
4 (0.7%) |
.1 |
205(35.96%) |
5(0.87%) |
1 |
246 (43.16%) |
13(2.28%) |
10 |
293(51.40%) |
64(11.22%) |
20 |
311(54.56%) |
99(17.36%) |
50 |
353(61.92%) |
196 (34.38%) |
100 |
395(69.29%) |
311 (54.56%) |
Approach |
Sensitivity |
Specificity |
PPV |
Accuracy |
MCC |
Composition (C) |
96.32% |
97.22% |
97.72% |
97.72% |
0.9416 |
Dipeptide |
93.68% |
98.42% |
98.41% |
96.05% |
0.9247 |
Meme/mast( E-value 0.1) |
35.96% |
0.87% |
|
|
|
Meme/mast( E-value 0.01) |
32.28% |
0.7% |
|
|
|
Meme/mast( E-value 0.001) |
29.82% |
0.7% |
|
|
|
Meme/mast( E-value 0.0001) |
28.94% |
0.7% |
|
|
|
FNN (0.5 threshold) |
89.65% |
78.78% |
88.39% |
84.19% |
0.6890 |
RNN (0.45 threshold) |
89.12% |
96.35% |
96.03% |
92.75% |
.8572 |
(C )+meme/mast (E-value .1) |
96.84% |
96.84% |
96.84% |
96.84% |
.9368 |
(C )+meme/mast (E-value .01) |
96.67% |
97.02% |
97.00% |
96.84% |
.9368 |
(C )+meme/mast (E-value .001) |
96.49% |
97.02% |
97.00% |
96.75% |
.9351 |
(C )+meme/mast (E-value .0001) |
96.49% |
97.02% |
97.00% |
96.75% |
.9351 |
Comp.+length |
97.54% |
97.19% |
97.25% |
97.37% |
0.9485 |
Dipep +length |
96.67% |
95.09% |
95.28% |
95.88% |
0.9195 |
Table S6: The MEME/MAST result
of classification of neurotoxins coming from different source at different
E-value. In column 1, the value within bracket is the total number of
sequences, where as in 2-6 columns, the value within bracket is the false
positive number.
Source |
Ev .0001 |
Ev .001 |
Ev .01
|
Ev .1 |
Ev 1 |
Ev 10 |
Ev 50 |
Arthropoda (310) |
131(1) |
141(1) |
148(6) |
166(15) |
190(33) |
245(80) |
273(159) |
Bacteria(10) |
|
|
|
|
|
|
|
Chordata(135) |
104(0) |
105(0) |
107(0) |
109(1) |
112(9) |
113(34) |
124(215) |
Cnidaria(20) |
12(0) |
12 (0) |
12(1) |
12(1) |
12(7) |
13(52) |
14(136) |
Mollusca(95) |
42(0) |
42(0) |
43(0) |
47(3) |
52(22) |
58(65) |
68(177) |
Total (570) |
289(1) |
300(1) |
310(7) |
334(20) |
366(71) |
429(231) |
479(528) |
Table S7: The MEME/MAST result
of classification of neurotoxins based on target of action at different
E-value. In column 1, the value within bracket is the total number of
sequences, where as in 2-6 columns, the value within bracket is the false
positive number.
Function |
Ev .0001 |
Ev.001
|
Ev.01
|
Ev .1
|
Ev 1 |
Ev 10 |
Ev 50 |
BIC(330) |
66(0) |
70(0) |
78(1) |
89(1) |
105(13) |
145(25) |
205(25) |
BAR(85) |
60(2) |
61(2) |
64(3) |
67(4) |
67(9) |
67(35) |
73(109) |
IAR1(5) |
5(0) |
5(0) |
5(2) |
5(7) |
5(26) |
5(95) |
5(282) |
IAR2(20) |
17(1) |
18(1) |
19(1) |
19(3) |
19(14) |
20(46) |
20(156) |
FAR(10) |
6(2) |
6(8) |
6(22) |
6(44) |
6(79) |
6(196) |
7(321) |
Total(450) |
154(5) |
160(11) |
172(29) |
186(59) |
202(131) |
243(397) |
310(893) |
Table S8: The MEME/MAST result
of classification ion channels blockers at different E-value. In column 1, the
value within bracket is the total number of sequences, where as in 2-6 columns,
the value within bracket is the false positive number.
Blockers of ion channels |
Ev .0001 |
Ev .001 |
Ev .01
|
Ev .1 |
Ev 1 |
Ev 10 |
Ev 50 |
Calcium (80) |
19(4) |
21(4) |
24(4) |
28(5) |
32(9) |
46(36) |
65(109) |
Chlorine(5) |
5(0) |
5(1) |
5(7) |
5(13) |
5(41) |
5(67) |
5(189) |
Potassium(90) |
38(1) |
42(1) |
47(4) |
53(11) |
62(28) |
71(85) |
82(168) |
Sodium(150) |
78(4) |
81(5) |
83(7) |
84(11) |
94(19) |
100(51) |
113(115) |
Total(325) |
140(9) |
149(11) |
159(22) |
170(40) |
193(97) |
222(239) |
265 |
The performance various approaches used� classification of neurotoxins based on source, function and sub-classification of ion channels blockers. The Hybrid approaches used at different E-value is shown.
Table S9.The performance of various approaches used
in classification of neurotoxins based
on source.
________________________________________________________________________
Approach���������������� Eubacteria����������������� Cnidaria��������������������� Mollusca����������� Arthropoda������������������ Chordata���������������� Overall�
����������������������������� ACC������ MCC������� ACC������� MCC��������� ACC������ MCC������ ACC������� M CC������� ACC����� MCC��������������� ACC��
Composition (A)� 100������
.9134���������� 30.0 0������ .4441�������� 63.16������
.5804������� 86.45���� .6426�������� 78.52������� .7495����������� 78.94������
Dipeptide (B)������ 100������ .8671����������
50.00������� .6776�������� 76.84������ .7426�������
92.58���� .8069�������� 90.37������� .8911�����������
88.07������
A + length ( C )���� 90�������
.8656���������� 50.00������� .5893�������� 70.53������
.7433������ 95.16����� .7385�������� 76.30�������
.7854����������� 84.91
B + length (D)������ 90������� .8656����������
55.00������� .6169�������� 83.16������ .7998������
94.19����� .8075�������� 80.74������� .8079�����������
87.72��
PSI-BLAST (E)���� 90��������������������������� 70.00������������������������� 54.74���������������������� 67.74���������������������� 90.37���������������������������� 71.40
Meme/Mast (F1)��� -������������������������������ 60.00����������������������� �49.47����������������������
53.54����������������������
80.74�����������������������������
58.59�
Meme/Mast(F2)������������������������������������
60.00������������������������
45.26���������������������� 47.74���������������������� 79.26�������������� ��������������54.38
Meme/Mast(F3)������������������������������������
60.00������������������������
44.21���������������������� 45.48���������������������� 77.78���������������������������� 52.63
Meme/Mast(F4)������������������������������������
60.00���� ��������������������44.21���������������������� 42.26����������������������� 77.04���������������������������� 50.70����
Hybrid1 (E+A)��� 100�������
.8421���������� 70.00������� .7757�������� 78.95������
.7527������ 92.58����� .8409�������� 97.04������� .9518����������� 90.70
Hybrid2 (E+B)��� 100�������
.8128���������� 70.00������� .8321�������� 81.05������
.7726������� 93.87���� .8692�������� 96.30�������
.9421����������� 91.58
Hybrid3 (E+C)����� 90������� .8182����������
70.00������� .8025�������� 80.00������ .8361�������
97.74���� .8611�������� 91.11������� .9314�����������
92.10
Hybrid4 (E+D)����� 90������� .8182����������
70.00������� .8026�������� 85.26������ .8176�������
95.48���� .8762�������� 90.37������� .8970�����������
91.58�
Hybrid5 (F1+A) ��100�������
.8421��������� 65.00�������� .7430�������� 77.89������
.7145������ 90.97����� .8128�������� 95.56��������
.9418���������� 89.12
Hybrid6 (F1+B)�� 100�������
.7863��������� 65.00�������� .8011�������� 82.11������
.7799������ 93.23����� .8515���
�����93.33������� .9126����������� 90.53
Hybrid7 (F1+C)���� 90�������
.8182��������� 60.00�������� .7373�������� 77.89������
.7968������ 96.13����� .8053�������� 84.44��������
.8713���������� 88.95
Hybrid8 (F1+D���� 90�������� .8182���������
60.00�������� .7373�������� 85.26������ .8068������
94.19����� .8269�������� 83.70������� .8365�����������
88.94
Hybrid9 (F2+A)�� 100������
.8421����������� 65.00������� .7430������� 74.74�������
.6918������ 90.65������ .7985������ 95.56��������
.9371���������� 88.43�
Hybrid10 (F2+B) 100������ .7863����������� 65.00�������
.8011������� 80.00������� .7600������ 92.90������
.8408������ 93.33�������� .9126���������� 88.99
Hybrid11 (F2+C)�� 90������
.8182����������� 60.00������� .7373������� 77.89�������
.7968������ 96.13������ .8053������ 84.44��������
.8713���������� 88.95��
Hybrid12 (F2+D)�� 90������
.8182����������� 60.00������� .7373������� 84.21�������
.7996������ 94.19������ .8234������ 83.70��������
.8365���������� 88.77��
Hybrid13 (F3+A) 100������ .8421������� ����65.00������� .7430������� 73.68�������
.6842������ 90.65������� .7877������ 94.07��������
.9270���������� 87.89
Hybrid14 (F3+B)� 100�����
.7863����������� 65.00�������� .8011������� 78.95�������
.7474����� 92.58�������� .8338����� 93.33��������� .9126��������� 89.65�
Hybrid15 (F3+C)��� 90�����
.8182����������� 60.00�������� .7373������� 76.84�������
.7897����� 96.13�������� .7953����� 82.96���������
.8612��������� 88.42������
Hybrid16 (F3+D)��� 90�����
.8182����������� 60.00�������� .7373������� 83.16�������
.7925����� 94.19�������� .8165����� 82.96���������
.8313��������� 88.42�
Hybrid17 (F4+A)� 100�����
.8421����������� 65.00�������� .7430������� 73.68�������
.6842����� 90.32�������� .7842������ 94.07��������
.9223��������� 87.72���
Hybrid18 (F4+B)� 100�����
.7863����������� 65.00�������� .8011�������� 78.95������
.7474����� 92.58�������� .8338������� 93.33��������
.9126�������� 89.65
Hybrid19 (F4+C)�� 90������
.8182����������� 60.00��������� .7373�������� 76.84�����
.7897������ 95.81������� .7914������� 82.96��������
.8561�������� 88.25���������
Hybrid20 (F4+D)�� 90������
.8182����������� 60.00��������� .7373�������� 83.16�����
.7925������ 94.19������� .8165������� 82.96��������
.8313�������� 88.42
ACC: Accuracy; MCC: Matthew�s correlation coefficient.
Table S10.The performance of various approaches
used on classification of neurotoxins based on function.
________________________________________________________________________
Approach������������������������ BIC������������������������ BAR������������������������� IAR1�������������������� IAR2������������������������� FAR������������������ Overall�
�������������������������������� ACC������ MCC������� ACC������� MCC��������� ACC������ MCC������� ACC������� M CC������� ACC����� MCC������������ ACC��
Composition(A)���� 87.58����� .6255��������
75.29�������� .6902���������� 100.00������ 1.000���� 65.00������ .5860�������� 30.00�����
.2209������� 83.11�
Dipeptide (B)�������� 94.24����� .7664��������
85.88�������� .8318���������� 100.00������ .9406���� 90.00������ .9199�������� 30.00�����
.3406������� 91.10
A+length ( C )������� 94.24����� .6857��������
69.41�������� .6737��������� 100.00������ 1.000����� 85.00����� �.8752�������� 50.00����� .6219������� 88.22
B+length(D)���������� 95.45����� .8805��������
97.65�������� .9660��������� 100.00������ 1.000���� 90.00������� .8035�������� 60.00�����
.7625������� 94.88���
PSI-BLAST (E)����� 52.73����������������������� 84.71��������������������������� 100.00�������������������� 100.00����������������������� 70.00���������������������� 61.78
Meme/Mast (F1)��� 26.97����������������������� 78.82���������������������������� 100.00�������������������� 95.00������������������� ������60.00����������������������
41.33
Meme/Mast(F2)���� 23.64����������������������� 75.29���������������������������� 100.00�������������������� 95.00������������������������� 60.00��������������������� 38.22
Meme/Mast(F3)���� 21.21�������������������� ���71.64���������������������������� 100.00�������������������� 90.00������������������������� 60.00���������������������� 35.53
Meme/Mast(F4)���� 20.00����������������������� 70.59���������������������������� 100.00�������������������� 85.00������������� ������������60.00��������������������� 34.22
�
Hybrid1 (E+A)������ 90.61����� .7843��������
85.88�������� .7715��������� 100.00������� 1.00�����
100.00����� .8536�������� 70.00����� .5598������� 89.83
Hybrid2 (E+B)������ 93.33����� .8130��������
88.24��� �����.8232��������� 100.00�������
.9118��� 100.00����� .9512�������� 70.00�����
.6300������� 92.22�
Hybrid3 (E+C)������ 95.45����� .8418��������
85.88�������� .8259��������� 100.00������� 1.00�����
100.00����� .9292�������� 80.00����� .8399������� 93.55
Hybrid4 (E+D)������ 94.85����� .8869��������
97.65�������� .9501��������� 100.00������� 1.00�����
100.00����� .7666�������� 70.00����� .8338������� 95.11
Hybrid5 (F1+A)����� 90.91����� .7631��������
82.35�������� .7640��������� 100.00������� 1.00������� 95.00������ .8247�������� 80.00�����
.6027������ 89.33
Hybrid6 (F1+B)����� 94.24������ .8277�������
88.24��������� .8420�������� 100.00�������� .9118���
100.00����� .9748��������� 80.00���� .6940������� 93.11
Hybrid7 (F1+C)����� 95.15����� .8058�������� 81.18�������� .7870��������� 100.00�������
1.00������ 100.00����� .9512��������� 80.00����
.8399������� 92.44
Hybrid8 (F1+D)����� 95.45����� .9029��������
98.82�������� .9714��������� 100.00������� 1.00������
100.00����� .7795��������� 80.00���� .8924������� 96.00���
Hybrid9 (F2+A)���� 90.30������ .7477��������
81.18�������� .7497��������� 100.00�������� 1.00������
95.00������ .8082��������� 80.00���� .6027������� 88.67���
Hybrid10 (F2+B)�� 94.24������
.8215�������� 87.06�������� .8340��������� 100.00����� ���.9118���
100.00������ .9748��������� 80.00���� .6940������ 92.89��
Hybrid11 (F2+C)�� 94.85������
.7944�������� 80.00�������� .7723��������� 100.00��������
1.00������ 100.00����� .9512��������� 80.00�����
.8399����� 92.00��
Hybrid12 (F2+D)�� 95.45����
��.9029�������� 98.82��������
.9714��������� 100.00�������� 1.00������ 100.00�����
.7795��������� 80.00����� .8924����� 96.00�
Hybrid13 (F3+A)�� 90.00������
.7303�������� 80.00�������� .7354���������� 100.00�������
1.00������� 90.00������� .7785�������� �80.00����� .6027����� 88.00�
Hybrid14 (F3+B)�� 94.24������
.8215�������� 87.06�������� .8340���������� 100.00��������
.9118���� 100.00������ .9748�������� 80.00�����
.6940����� 92.89�
Hybrid15 (F3+C)�� 94.24������
.7716�������� 78.82�������� .7513����� �����100.00�������� 1.00�������� 95.00������
.9236�������� 80.00����� .8399����� 91.12
Hybrid16 (F3+D)�� 95.45������
.8968�������� 98.82�������� .9714���������� 100.00��������
1.00�������� 95.00������ .7503�������� 80.00�����
.8924����� 95.77�
Hybrid17 (F4+A)�� 90.00������
.7172������� 78.82��������� .7270���������� 100.00��������
1.00������� 85.00������� .7480�������� 80.00������
.6027����� 87.55
Hybrid18 (F4+B)�� 94.24������
.8153������� 87.06��������� .8340���������� 100.00��������
.9118����� 95.00��� ���.9477��������� 80.00������ .6940����� 92.67�
Hybrid19 (F4+C)�� 94.24������
.7590������� 77.65��������� .7429���������� 100.00���������
1.00������ 90.00������� .8953��������� 80.00�����
.8399����� 90.67
Hybrid20 (F4+D)�� 95.45�����
.8907�������� 98.82 ���������.9714���������� 100.00���������
1.00������ 90.00������� .7205��������� 80.00�����
.8924����� 95.55�
������������������
BIC= Blocks ion channels;BAR= Blocks acetylcholine receptors;� IAR1 =Inhibits Ach release by metalloproteolytic activity; IAR2= Inhibits Ach release by phospholipase A2 activity; FAR= Facilitates acetylcholine release;ACC: Accuracy; MCC: Matthew�s correlation coefficient.
Table S11.The performance of various modules
including SVM modules on classification of�
ion channel inhibitors.
________________________________________________________________________
Approach���������������������������� Sodium�������������������� Potassium���������������������� Calcium������������������������� Chloride����������������������������� Overall�
�������������������������������������� ACC������ MCC���������� ACC������� MCC������������� ACC������ MCC��������������
ACC������� MCC���������������������� ACC��
Composition(A)����������� 72.00������ .5369����������
68.89�������� .5219����������� 35.00������ .1605�������������
100.00����� .8379��������������������� 62.46
Dipeptide(B)���������������� 75.33������ .3635���������� 70.00��������
.6908����������� 50.00������ .3502��� ����������100.00���� 1.000���������������������� 68.00
A+length ( C )�������������� 63.33������ .4782����������
73.33�������� .5481����������� 48.75������ .3211��������������
60.00������ .5403��������������������� 62.46
B+length(D)����������������� 78.00� �����.5508����������
73.33�������� .7082����������� 55.00������ .4234��������������
60.00������ .6000��������������������� 70.77
PSI-BLAST (E)������������ 62.67�������������������������� 62.22����������������������������� 55.00���������������������������� �100.00������������������������������������ 61.23
Meme/mast (F1)����������� 56.00�������������������������� 58.88����������������������������� 35.00����������������������������� 100.00������������������������������������ 52.31
Meme/Mast(F2)������������ 55.33�������������������������� 52.22����������������������������� 30.00����������������������������� 100.00����������������������������������� 48.92
Meme/Mast(F3)������������ 54.00�������������������������� 46.67����������������������������� 26.25������� ����������������������100.00����������������������������������� 45.85
Meme/Mast(F4)������������ 52.00�������������������������� 42.22����������������������������� 23.75������������������������������ 100.00���������������������������������� 43.08
Hybrid1 (E+A)������������� 74.00������ .6228����������
73.33�������� .6248����������� 65.00������ .4600�������������
100.00����� .7868��������������������� 72.00
Hybrid2 (E+B)������������� 73.33������ .6038����������
74.44�������� .7386����������� 71.25������ .4564�������������
100.00����� 1.000��������������������� 73.54
Hybrid3 (E+C)������������� 66.67������ .5637����������
75.56�������� .5890����������� 63.75������ .4285��������������
100.00���� .9111��������������������� 68.92
Hybrid4 (E+D)������������� 75.33�� ����.6284���������� 78.89�������� .7498�����������
68.75������ .4702������������� 100.00����� 1.000���������������������
75.08
Hybrid5 (F1+A)������������ 74.00������ .5719����������
81.11�������� .6515����������� 48.75������ .3721�������������
100.00��� ��.7407��������������������� 70.03
Hybrid6 (F1+B)������������� 75.33������ .5479���������
76.67��������� .7478���������� 57.50������� .3754�������������
100.00���� 1.00����������������������� 71.69���
Hybrid7 (F1+C)������������� 66.67������ .5502������� ���80.00�������� .6200�����������
60.00������ .4179������������� 100.00����� .91114������������������
69.23
Hybrid8 (F1+D)������������� 78.00������ .5795����������
77.78�������� .7637����������� 65.00������ .4877�������������
100.00����� 1.00������������ ����������75.08�
Hybrid9 (F2+A)������������ 74.00������ .5595�����������
76.67������� .6096����������� 45.00������� .3144�������������
100.00������ .7407������������������� 68.00
Hybrid10 (F2+B)���������� 75.33������ .5241�����������
74.44������� .7310� ����������53.75�������
.3379������������� 100.00������ 1.00��������������������� 70.15
Hybrid11 (F2+C)���������� 66.67������ .5367�����������
78.89������� .5999����������� 56.25������� .3859�������������
100.00������� .9114������������������ 68.00
Hybrid12 (F2+D)���������� 78.00������ .5618�����������
76.67������� .7554����������� 62.50������� .4668�������������
100.00������ 1.00��������������������� 74.15
Hybrid13 (F3+A)���������� 74.00������ .5473�����������
75.56������� .5948����������� 41.25������� .2740�������������
100.00������ .7407������������������ 66.77�
Hybrid14 (F3+B)���������� 75.33������ .5065�����������
73.33������� .7225����������� 51.25������� .3160�������������
100.00������ 1.00�������������������� 69.23
Hybrid15 (F3+C)���������� 66.67�� ����.5170����������� 77.78������� .5907�����������
53.75������� .3642������������� 100.00�������� .9114����������������
67.08
Hybrid16 (F3+D)���������� 78.00������ .5501�����������
76.67������� .7554����������� 60.00������� .4458�������������
100.00������ �1.00������������������� 73.54
Hybrid17 (F4+A)���������� 74.00������ .5473�����������
74.44������� .5856������������ 41.25������� .2683������������
100.00�������� .7407���������������� 66.46
Hybrid18 (F4+B)����������� 75.33����� .5065�����������
72.22��� ����.7063������������ 50.00�������
.2998������������� 100.00������� 1.00������������������� 68.61
Hybrid19 (F4+C)����������� 65.33����� .4982�����������
75.56������� .5668������������ 52.50������� .3373�������������
100.00�������� .9114���������������� 65.54��
Hybrid20 (F4+D)����������� 78.00����� .5443�����������
74.44������� .7310������������ 58.75������� .4295�������������
100.00�������� 1.00������������������ 72.61
ACC:
Accuracy; MCC: Matthew�s correlation coefficient.
RBF kernel and g, c and j values were used for developing SVM modules using various features.
SVM module |
g |
C |
J |
Composition |
10 |
10 |
1 |
Dipeptide |
1 |
100 |
1 |
Comp+Length |
1 |
100 |
1 |
Dipep+Length |
5 |
10 |
1 |
SVM module |
g |
C |
J |
Composition |
25 |
1 |
13 |
Dipeptide |
5 |
10 |
1 |
Comp+Length |
25 |
1 |
3 |
Dipep+Length |
5 |
10 |
1 |
SVM module |
g |
C |
J |
Composition |
20 |
100 |
1 |
Dipeptide |
10 |
100 |
1 |
Comp+Length |
25 |
10 |
1 |
Dipep+Length |
1 |
50 |
3 |
SVM module |
g |
C |
J |
Composition |
1 |
1000 |
1 |
Dipeptide |
5 |
10 |
5 |
Comp+Length |
25 |
10 |
5 |
Dipep+Length |
0.1 |
100 |
5 |