Prediction of neurotoxins based on their function and source

Sudipto Saha and G. P. S. Raghava*

Institute of Microbial Technology, Okhla Phase 3, New Delhi, India

Running Tite: Neurotoxins prediction

Address correspondence to: Dr. G. P. S. Raghava, Professor, Department of Computational Biology Institute of Microbial Technology Okhla Phase 3, New Delhi, INDIA, Phone: +91-11-26907444; Fax: +91-172-26907444 E-mail: raghava@iiitd.ac.in

 

 

Supplemental data

 

The performance ofANN for prediction of neurotoxins at different threshold

Feed forward network and recurrent neural network were used for the classification of neurotoxins and non toxins. Different fidden nodes were used with single hidden layer. The performance at of the best module at different thresholds was shown below.

Table S1: The performance of FNN on classifying neurotoxin sequences and non-toxin sequences a hidden node 35

 

Thres

Sensitivity

Specificity

Accuracy

PPV

MCC

1.0000

0.0000

0.0000

0.0000

0.0000

0.0000

0.9000

0.0000

0.0000

0.0000

0.0000

0.0000

0.8000

0.0018

0.2000

0.1013

0.2000

0.0133

0.7000

0.0246

0.7983

0.4131

0.7600

0.0859

0.6000

0.5193

0.8000

0.6603

0.8882

0.4059

0.5500

0.7035

0.7948

0.7493

0.8886

0.5346

0.5000

0.8965

0.7878

0.8419

0.8839

0.6893

0.4500

0.9614

0.6783

0.8192

0.7907

0.6450

0.4000

0.9912

0.1896

0.5886

0.5500

0.2730

0.3000

0.9912

0.0087

0.4978

0.4978

-0.0004

0.2000

0.9912

0.0087

0.4978

0.4978

-0.0004

0.1000

0.9912

0.0087

0.4978

0.4978

-0.0004

 

 

 

Table S2: The performance of RNN on classifying neurotoxin sequences and non-toxin sequences a hidden node60

 

Thresold

Sensitivity

Specificity

Accuracy

PPV

MCC

1.0000

0.0000

0.0000

0.0000

0.0000

0.0000

0.9000

0.0000

0.0000

0.0000

0.0000

0.0000

0.8000

0.0035

0.4000

0.2026

0.4000

0.0266

0.7000

0.1581

0.9913

0.5769

0.9450

0.2690

0.6000

0.5544

0.9913

0.7738

0.9844

0.6074

0.5500

0.7281

0.9913

0.8603

0.9881

0.7464

0.5000

0.8228

0.9809

0.9022

0.9771

0.8144

0.4500

0.8912

0.9635

0.9275

0.9603

0.8572

0.4000

0.9877

0.7548

0.8707

0.8004

0.7633

0.3000

0.9912

0.0087

0.4978

0.4978

-0.0004

0.2000

0.9912

0.0087

0.4978

0.4978

-0.0004

0.1000

0.9912

0.0087

0.4978

0.4978

-0.0004

 

 

The performance PSI-BLAST for prediction of neurotoxins at different E-values.

 

Table S3: Results of PSI-BLAST on various E-values on neurotoxins dataset using five fold cross-validation.

 

 

E-value

Hits(570)

False positive (570)

1.0

390 (68.42%)

42

10-1

391(68.60%)

32

10-2

391(68.60%)

28

10-3

387(67.89%)

23

10-6

343(60.18%)

19

10-9

281(49.30%)

13

 

 

 

 

The performance MEME/MAST for prediction of neurotoxins, classification of neurotoxins based on source, function and sub-classification of ion channels blockers.

The performances of MAST at different E-values were performed on MEME matrix formed on neurotoxins sequences based on five-fold validation. Five MEME matrices have been created corresponding to five learning sets, one matrix for one learning set (four sets).Then each matrix was used in as input file for searching motifs in remaining one set (testing set) using program MAST.

 

Table S4: The MEME/MAST result of classification of neurotoxins and non toxins at different E-value

 

E-value

Neurotoxin (570)

Non-toxin(570)

0.0001

165 (28.95%)

4 (0.7%)

0.001

174(29.82%)

4 (0.7%)

0.01

184 (32.28%)

4 (0.7%)

.1

205(35.96%)

5(0.87%)

1

246 (43.16%)

13(2.28%)

10

293(51.40%)

64(11.22%)

20

311(54.56%)

99(17.36%)

50

353(61.92%)

196 (34.38%)

100

395(69.29%)

311 (54.56%)

 

 

T S5.The performance of various approaches used in prediction of neurotoxins and nontoxins

 

 

Approach

Sensitivity

Specificity

PPV

Accuracy

MCC

Composition (C)

96.32%

97.22%

97.72%

97.72%

0.9416

Dipeptide

93.68%

98.42%

98.41%

96.05%

0.9247

Meme/mast( E-value 0.1)

35.96%

0.87%

 

 

 

Meme/mast( E-value 0.01)

32.28%

0.7%

 

 

 

Meme/mast( E-value 0.001)

29.82%

0.7%

 

 

 

Meme/mast( E-value 0.0001)

28.94%

0.7%

 

 

 

FNN (0.5 threshold)

89.65%

78.78%

88.39%

84.19%

0.6890

RNN (0.45 threshold)

89.12%

96.35%

96.03%

92.75%

.8572

(C )+meme/mast (E-value .1)

96.84%

96.84%

96.84%

96.84%

.9368

(C )+meme/mast (E-value .01)

96.67%

97.02%

97.00%

96.84%

.9368

(C )+meme/mast (E-value .001)

96.49%

97.02%

97.00%

96.75%

.9351

(C )+meme/mast (E-value .0001)

96.49%

97.02%

97.00%

96.75%

.9351

Comp.+length

97.54%

97.19%

97.25%

97.37%

0.9485

Dipep +length

96.67%

95.09%

95.28%

95.88%

0.9195

 

 

Table S6: The MEME/MAST result of classification of neurotoxins coming from different source at different E-value. In column 1, the value within bracket is the total number of sequences, where as in 2-6 columns, the value within bracket is the false positive number.

 

 

Source

Ev .0001

Ev .001

Ev .01

Ev .1

Ev 1

Ev 10

Ev 50

Arthropoda (310)

131(1)

141(1)

148(6)

166(15)

190(33)

245(80)

273(159)

Bacteria(10)

 

 

 

 

 

 

 

Chordata(135)

104(0)

105(0)

107(0)

109(1)

112(9)

113(34)

124(215)

Cnidaria(20)

12(0)

12 (0)

12(1)

12(1)

12(7)

13(52)

14(136)

Mollusca(95)

42(0)

42(0)

43(0)

47(3)

52(22)

58(65)

68(177)

Total (570)

289(1)

300(1)

310(7)

334(20)

366(71)

429(231)

479(528)

 

 

Table S7: The MEME/MAST result of classification of neurotoxins based on target of action at different E-value. In column 1, the value within bracket is the total number of sequences, where as in 2-6 columns, the value within bracket is the false positive number.

 

Function

Ev .0001

Ev.001

Ev.01

Ev .1

Ev 1

Ev 10

Ev 50

BIC(330)

66(0)

70(0)

78(1)

89(1)

105(13)

145(25)

205(25)

BAR(85)

60(2)

61(2)

64(3)

67(4)

67(9)

67(35)

73(109)

IAR1(5)

5(0)

5(0)

5(2)

5(7)

5(26)

5(95)

5(282)

IAR2(20)

17(1)

18(1)

19(1)

19(3)

19(14)

20(46)

20(156)

FAR(10)

6(2)

6(8)

6(22)

6(44)

6(79)

6(196)

7(321)

Total(450)

154(5)

160(11)

172(29)

186(59)

202(131)

243(397)

310(893)

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

Table S8: The MEME/MAST result of classification ion channels blockers at different E-value. In column 1, the value within bracket is the total number of sequences, where as in 2-6 columns, the value within bracket is the false positive number.

 

Blockers of ion channels

Ev .0001

Ev .001

Ev .01

Ev .1

Ev 1

Ev 10

Ev 50

Calcium (80)

19(4)

21(4)

24(4)

28(5)

32(9)

46(36)

65(109)

Chlorine(5)

5(0)

5(1)

5(7)

5(13)

5(41)

5(67)

5(189)

Potassium(90)

38(1)

42(1)

47(4)

53(11)

62(28)

71(85)

82(168)

Sodium(150)

78(4)

81(5)

83(7)

84(11)

94(19)

100(51)

113(115)

Total(325)

140(9)

149(11)

159(22)

170(40)

193(97)

222(239)

265

 

 

The performance various approaches usedclassification of neurotoxins based on source, function and sub-classification of ion channels blockers. The Hybrid approaches used at different E-value is shown.

 

Table S9.The performance of various approaches used in classification of neurotoxins based on source.

________________________________________________________________________

Approach���������������� Eubacteria����������������� Cnidaria��������������������� Mollusca����������� Arthropoda������������������ Chordata���������������� Overall

����������������������������� ACC������ MCC������� ACC������� MCC��������� ACC������ MCC������ ACC������� M CC������� ACC����� MCC��������������� ACC��

 

Composition (A)100������ .9134���������� 30.0 0������ .4441�������� 63.16������ .5804������� 86.45���� .6426�������� 78.52������� .7495����������� 78.94������

Dipeptide (B)������ 100������ .8671���������� 50.00������� .6776�������� 76.84������ .7426������� 92.58���� .8069�������� 90.37������� .8911����������� 88.07������

A + length ( C )���� 90������� .8656���������� 50.00������� .5893�������� 70.53������ .7433������ 95.16����� .7385�������� 76.30������� .7854����������� 84.91

B + length (D)������ 90������� .8656���������� 55.00������� .6169�������� 83.16������ .7998������ 94.19����� .8075�������� 80.74������� .8079����������� 87.72��

PSI-BLAST (E)���� 90��������������������������� 70.00������������������������� 54.74���������������������� 67.74���������������������� 90.37���������������������������� 71.40

 

Meme/Mast (F1)��� -������������������������������ 60.00����������������������� 49.47���������������������� 53.54���������������������� 80.74����������������������������� 58.59

Meme/Mast(F2)������������������������������������ 60.00������������������������ 45.26���������������������� 47.74���������������������� 79.26�������������� ��������������54.38

Meme/Mast(F3)������������������������������������ 60.00������������������������ 44.21���������������������� 45.48���������������������� 77.78���������������������������� 52.63

Meme/Mast(F4)������������������������������������ 60.00���� ��������������������44.21���������������������� 42.26����������������������� 77.04���������������������������� 50.70����

 

Hybrid1 (E+A)��� 100������� .8421���������� 70.00������� .7757�������� 78.95������ .7527������ 92.58����� .8409�������� 97.04������� .9518����������� 90.70

Hybrid2 (E+B)��� 100������� .8128���������� 70.00������� .8321�������� 81.05������ .7726������� 93.87���� .8692�������� 96.30������� .9421����������� 91.58

Hybrid3 (E+C)����� 90������� .8182���������� 70.00������� .8025�������� 80.00������ .8361������� 97.74���� .8611�������� 91.11������� .9314����������� 92.10

Hybrid4 (E+D)����� 90������� .8182���������� 70.00������� .8026�������� 85.26������ .8176������� 95.48���� .8762�������� 90.37������� .8970����������� 91.58

 

Hybrid5 (F1+A) ��100������� .8421��������� 65.00�������� .7430�������� 77.89������ .7145������ 90.97����� .8128�������� 95.56�������� .9418���������� 89.12

Hybrid6 (F1+B)�� 100������� .7863��������� 65.00�������� .8011�������� 82.11������ .7799������ 93.23����� .8515��� �����93.33������� .9126����������� 90.53

Hybrid7 (F1+C)���� 90������� .8182��������� 60.00�������� .7373�������� 77.89������ .7968������ 96.13����� .8053�������� 84.44�������� .8713���������� 88.95

Hybrid8 (F1+D���� 90�������� .8182��������� 60.00�������� .7373�������� 85.26������ .8068������ 94.19����� .8269�������� 83.70������� .8365����������� 88.94

 

Hybrid9 (F2+A)�� 100������ .8421����������� 65.00������� .7430������� 74.74������� .6918������ 90.65������ .7985������ 95.56�������� .9371���������� 88.43

Hybrid10 (F2+B) 100������ .7863����������� 65.00������� .8011������� 80.00������� .7600������ 92.90������ .8408������ 93.33�������� .9126���������� 88.99

Hybrid11 (F2+C)�� 90������ .8182����������� 60.00������� .7373������� 77.89������� .7968������ 96.13������ .8053������ 84.44�������� .8713���������� 88.95��

Hybrid12 (F2+D)�� 90������ .8182����������� 60.00������� .7373������� 84.21������� .7996������ 94.19������ .8234������ 83.70�������� .8365���������� 88.77��

 

Hybrid13 (F3+A) 100������ .8421������� ����65.00������� .7430������� 73.68������� .6842������ 90.65������� .7877������ 94.07�������� .9270���������� 87.89

Hybrid14 (F3+B)100����� .7863����������� 65.00�������� .8011������� 78.95������� .7474����� 92.58�������� .8338����� 93.33��������� .9126��������� 89.65

Hybrid15 (F3+C)��� 90����� .8182����������� 60.00�������� .7373������� 76.84������� .7897����� 96.13�������� .7953����� 82.96��������� .8612��������� 88.42������

Hybrid16 (F3+D)��� 90����� .8182����������� 60.00�������� .7373������� 83.16������� .7925����� 94.19�������� .8165����� 82.96��������� .8313��������� 88.42

 

Hybrid17 (F4+A)100����� .8421����������� 65.00�������� .7430������� 73.68������� .6842����� 90.32�������� .7842������ 94.07�������� .9223��������� 87.72���

Hybrid18 (F4+B)100����� .7863����������� 65.00�������� .8011�������� 78.95������ .7474����� 92.58�������� .8338������� 93.33�������� .9126�������� 89.65

Hybrid19 (F4+C)�� 90������ .8182����������� 60.00��������� .7373�������� 76.84����� .7897������ 95.81������� .7914������� 82.96�������� .8561�������� 88.25���������

Hybrid20 (F4+D)�� 90������ .8182����������� 60.00��������� .7373�������� 83.16����� .7925������ 94.19������� .8165������� 82.96�������� .8313�������� 88.42

 

 

 

 

 

ACC: Accuracy; MCC: Matthew�s correlation coefficient.

F1 = E value 0.1; F2 = E value 0.01; F3 = E value 0.001; F4 = E value 0.0001

 

 

Table S10.The performance of various approaches used on classification of neurotoxins based on function.

________________________________________________________________________

Approach������������������������ BIC������������������������ BAR������������������������� IAR1�������������������� IAR2������������������������� FAR������������������ Overall

�������������������������������� ACC������ MCC������� ACC������� MCC��������� ACC������ MCC������� ACC������� M CC������� ACC����� MCC������������ ACC��

 

Composition(A)���� 87.58����� .6255�������� 75.29�������� .6902���������� 100.00������ 1.000���� 65.00������ .5860�������� 30.00����� .2209������� 83.11

Dipeptide (B)�������� 94.24����� .7664�������� 85.88�������� .8318���������� 100.00������ .9406���� 90.00������ .9199�������� 30.00����� .3406������� 91.10

A+length ( C )������� 94.24����� .6857�������� 69.41�������� .6737��������� 100.00������ 1.000����� 85.00����� .8752�������� 50.00����� .6219������� 88.22

B+length(D)���������� 95.45����� .8805�������� 97.65�������� .9660��������� 100.00������ 1.000���� 90.00������� .8035�������� 60.00����� .7625������� 94.88���

PSI-BLAST (E)����� 52.73����������������������� 84.71��������������������������� 100.00�������������������� 100.00����������������������� 70.00���������������������� 61.78

 

Meme/Mast (F1)��� 26.97����������������������� 78.82���������������������������� 100.00�������������������� 95.00������������������� ������60.00���������������������� 41.33

Meme/Mast(F2)���� 23.64����������������������� 75.29���������������������������� 100.00�������������������� 95.00������������������������� 60.00��������������������� 38.22

Meme/Mast(F3)���� 21.21�������������������� ���71.64���������������������������� 100.00�������������������� 90.00������������������������� 60.00���������������������� 35.53

Meme/Mast(F4)���� 20.00����������������������� 70.59���������������������������� 100.00�������������������� 85.00������������� ������������60.00��������������������� 34.22

 

Hybrid1 (E+A)������ 90.61����� .7843�������� 85.88�������� .7715��������� 100.00������� 1.00����� 100.00����� .8536�������� 70.00����� .5598������� 89.83

Hybrid2 (E+B)������ 93.33����� .8130�������� 88.24��� �����.8232��������� 100.00������� .9118��� 100.00����� .9512�������� 70.00����� .6300������� 92.22

Hybrid3 (E+C)������ 95.45����� .8418�������� 85.88�������� .8259��������� 100.00������� 1.00����� 100.00����� .9292�������� 80.00����� .8399������� 93.55

Hybrid4 (E+D)������ 94.85����� .8869�������� 97.65�������� .9501��������� 100.00������� 1.00����� 100.00����� .7666�������� 70.00����� .8338������� 95.11

 

Hybrid5 (F1+A)����� 90.91����� .7631�������� 82.35�������� .7640��������� 100.00������� 1.00������� 95.00������ .8247�������� 80.00����� .6027������ 89.33

Hybrid6 (F1+B)����� 94.24������ .8277������� 88.24��������� .8420�������� 100.00�������� .9118��� 100.00����� .9748��������� 80.00���� .6940������� 93.11

Hybrid7 (F1+C)����� 95.15����� .8058�������� 81.18�������� .7870��������� 100.00������� 1.00������ 100.00����� .9512��������� 80.00���� .8399������� 92.44

Hybrid8 (F1+D)����� 95.45����� .9029�������� 98.82�������� .9714��������� 100.00������� 1.00������ 100.00����� .7795��������� 80.00���� .8924������� 96.00���

 

Hybrid9 (F2+A)���� 90.30������ .7477�������� 81.18�������� .7497��������� 100.00�������� 1.00������ 95.00������ .8082��������� 80.00���� .6027������� 88.67���

Hybrid10 (F2+B)�� 94.24������ .8215�������� 87.06�������� .8340��������� 100.00����� ���.9118��� 100.00������ .9748��������� 80.00���� .6940������ 92.89��

Hybrid11 (F2+C)�� 94.85������ .7944�������� 80.00�������� .7723��������� 100.00�������� 1.00������ 100.00����� .9512��������� 80.00����� .8399����� 92.00��

Hybrid12 (F2+D)�� 95.45���� ��.9029�������� 98.82�������� .9714��������� 100.00�������� 1.00������ 100.00����� .7795��������� 80.00����� .8924����� 96.00

 

Hybrid13 (F3+A)�� 90.00������ .7303�������� 80.00�������� .7354���������� 100.00������� 1.00������� 90.00������� .7785�������� 80.00����� .6027����� 88.00

Hybrid14 (F3+B)�� 94.24������ .8215�������� 87.06�������� .8340���������� 100.00�������� .9118���� 100.00������ .9748�������� 80.00����� .6940����� 92.89

Hybrid15 (F3+C)�� 94.24������ .7716�������� 78.82�������� .7513����� �����100.00�������� 1.00�������� 95.00������ .9236�������� 80.00����� .8399����� 91.12

Hybrid16 (F3+D)�� 95.45������ .8968�������� 98.82�������� .9714���������� 100.00�������� 1.00�������� 95.00������ .7503�������� 80.00����� .8924����� 95.77

 

Hybrid17 (F4+A)�� 90.00������ .7172������� 78.82��������� .7270���������� 100.00�������� 1.00������� 85.00������� .7480�������� 80.00������ .6027����� 87.55

Hybrid18 (F4+B)�� 94.24������ .8153������� 87.06��������� .8340���������� 100.00�������� .9118����� 95.00��� ���.9477��������� 80.00������ .6940����� 92.67

Hybrid19 (F4+C)�� 94.24������ .7590������� 77.65��������� .7429���������� 100.00��������� 1.00������ 90.00������� .8953��������� 80.00����� .8399����� 90.67

Hybrid20 (F4+D)�� 95.45����� .8907�������� 98.82 ���������.9714���������� 100.00��������� 1.00������ 90.00������� .7205��������� 80.00����� .8924����� 95.55

 

������������������

 

BIC= Blocks ion channels;BAR= Blocks acetylcholine receptors;IAR1 =Inhibits Ach release by metalloproteolytic activity; IAR2= Inhibits Ach release by phospholipase A2 activity; FAR= Facilitates acetylcholine release;ACC: Accuracy; MCC: Matthew�s correlation coefficient.

F1 = E value 0.1; F2 = E value 0.01; F3 = E value 0.001; F4 = E value 0.0001

 

 

Table S11.The performance of various modules including SVM modules on classification ofion channel inhibitors.

________________________________________________________________________

Approach���������������������������� Sodium�������������������� Potassium���������������������� Calcium������������������������� Chloride����������������������������� Overall

�������������������������������������� ACC������ MCC���������� ACC������� MCC������������� ACC������ MCC�������������� ACC������� MCC���������������������� ACC��

Composition(A)����������� 72.00������ .5369���������� 68.89�������� .5219����������� 35.00������ .1605������������� 100.00����� .8379��������������������� 62.46

Dipeptide(B)���������������� 75.33������ .3635���������� 70.00�������� .6908����������� 50.00������ .3502��� ����������100.00���� 1.000���������������������� 68.00

A+length ( C )�������������� 63.33������ .4782���������� 73.33�������� .5481����������� 48.75������ .3211�������������� 60.00������ .5403��������������������� 62.46

B+length(D)����������������� 78.00�����.5508���������� 73.33�������� .7082����������� 55.00������ .4234�������������� 60.00������ .6000��������������������� 70.77

PSI-BLAST (E)������������ 62.67�������������������������� 62.22����������������������������� 55.00���������������������������� 100.00������������������������������������ 61.23

 

Meme/mast (F1)����������� 56.00�������������������������� 58.88����������������������������� 35.00����������������������������� 100.00������������������������������������ 52.31

Meme/Mast(F2)������������ 55.33�������������������������� 52.22����������������������������� 30.00����������������������������� 100.00����������������������������������� 48.92

Meme/Mast(F3)������������ 54.00�������������������������� 46.67����������������������������� 26.25������� ����������������������100.00����������������������������������� 45.85

Meme/Mast(F4)������������ 52.00�������������������������� 42.22����������������������������� 23.75������������������������������ 100.00���������������������������������� 43.08

 

Hybrid1 (E+A)������������� 74.00������ .6228���������� 73.33�������� .6248����������� 65.00������ .4600������������� 100.00����� .7868��������������������� 72.00

Hybrid2 (E+B)������������� 73.33������ .6038���������� 74.44�������� .7386����������� 71.25������ .4564������������� 100.00����� 1.000��������������������� 73.54

Hybrid3 (E+C)������������� 66.67������ .5637���������� 75.56�������� .5890����������� 63.75������ .4285�������������� 100.00���� .9111��������������������� 68.92

Hybrid4 (E+D)������������� 75.33�� ����.6284���������� 78.89�������� .7498����������� 68.75������ .4702������������� 100.00����� 1.000��������������������� 75.08

 

Hybrid5 (F1+A)������������ 74.00������ .5719���������� 81.11�������� .6515����������� 48.75������ .3721������������� 100.00��� ��.7407��������������������� 70.03

Hybrid6 (F1+B)������������� 75.33������ .5479��������� 76.67��������� .7478���������� 57.50������� .3754������������� 100.00���� 1.00����������������������� 71.69���

Hybrid7 (F1+C)������������� 66.67������ .5502������� ���80.00�������� .6200����������� 60.00������ .4179������������� 100.00����� .91114������������������ 69.23

Hybrid8 (F1+D)������������� 78.00������ .5795���������� 77.78�������� .7637����������� 65.00������ .4877������������� 100.00����� 1.00������������ ����������75.08

 

Hybrid9 (F2+A)������������ 74.00������ .5595����������� 76.67������� .6096����������� 45.00������� .3144������������� 100.00������ .7407������������������� 68.00

Hybrid10 (F2+B)���������� 75.33������ .5241����������� 74.44������� .7310����������53.75������� .3379������������� 100.00������ 1.00��������������������� 70.15

Hybrid11 (F2+C)���������� 66.67������ .5367����������� 78.89������� .5999����������� 56.25������� .3859������������� 100.00������� .9114������������������ 68.00

Hybrid12 (F2+D)���������� 78.00������ .5618����������� 76.67������� .7554����������� 62.50������� .4668������������� 100.00������ 1.00��������������������� 74.15

 

Hybrid13 (F3+A)���������� 74.00������ .5473����������� 75.56������� .5948����������� 41.25������� .2740������������� 100.00������ .7407������������������ 66.77

Hybrid14 (F3+B)���������� 75.33������ .5065����������� 73.33������� .7225����������� 51.25������� .3160������������� 100.00������ 1.00�������������������� 69.23

Hybrid15 (F3+C)���������� 66.67�� ����.5170����������� 77.78������� .5907����������� 53.75������� .3642������������� 100.00�������� .9114���������������� 67.08

Hybrid16 (F3+D)���������� 78.00������ .5501����������� 76.67������� .7554����������� 60.00������� .4458������������� 100.00������ 1.00������������������� 73.54

 

Hybrid17 (F4+A)���������� 74.00������ .5473����������� 74.44������� .5856������������ 41.25������� .2683������������ 100.00�������� .7407���������������� 66.46

Hybrid18 (F4+B)����������� 75.33����� .5065����������� 72.22��� ����.7063������������ 50.00������� .2998������������� 100.00������� 1.00������������������� 68.61

Hybrid19 (F4+C)����������� 65.33����� .4982����������� 75.56������� .5668������������ 52.50������� .3373������������� 100.00�������� .9114���������������� 65.54��

Hybrid20 (F4+D)����������� 78.00����� .5443����������� 74.44������� .7310������������ 58.75������� .4295������������� 100.00�������� 1.00������������������ 72.61

 

 

 

ACC: Accuracy; MCC: Matthew�s correlation coefficient.

F1 = E value 0.1; F2 = E value 0.01; F3 = E value 0.001; F4 = E value 0.0001

 

 

 

The different parameters used for developing SVM modules

 

RBF kernel and g, c and j values were used for developing SVM modules using various features.

 

SVM moduleused for discrimination of neurotoxin and non toxin

SVM module

g

C

J

Composition

10

10

1

Dipeptide

1

100

1

Comp+Length

1

100

1

Dipep+Length

5

10

1

 

 

 

SVM moduleused for discrimination of neurotoxin based on source

SVM module

g

C

J

Composition

25

1

13

Dipeptide

5

10

1

Comp+Length

25

1

3

Dipep+Length

5

10

1

 

 

SVM moduleused for discrimination of neurotoxin based on function

SVM module

g

C

J

Composition

20

100

1

Dipeptide

10

100

1

Comp+Length

25

10

1

Dipep+Length

1

50

3

 

 

SVM moduleused for discrimination of ion channel blockers

SVM module

g

C

J

Composition

1

1000

1

Dipeptide

5

10

5

Comp+Length

25

10

5

Dipep+Length

0.1

100

5